La laguna San Rafael es un lago costero localizado en la Región de Aysén, Chile.
Abarca 123 km2 de superficie, y está dentro del Parque Nacional Laguna San Rafael. Al norte, la laguna se conecta con el canal Moraleda a través de varios golfos y esteros. Al sur y al este limita con el istmo de Ofqui y la península de Taitao. Al sur de la laguna se encuentran los Campos de Hielo Norte.
La laguna es de origen proglaciar, pues se formó por el retroceso del glaciar San Rafael, en la cabecera de los Campos de Hielo Norte.
El Parque Nacional, se caracteriza por ser el más grande de la región de Aysén, con 1 742 000 ha de extensión, de las cuales cerca de 400 000 ha corresponden a los hielos milenarios de los Campos de Hielo Norte. También dentro del parque se encuentra el monte San Valentín, con una altura aprox. de 4058 msnm.
El clima de la zona se caracteriza por ser muy húmedo, con abundantes precipitaciones durante todo el año, siendo una de las zonas más lluviosas del país con aprox. 5000 mm de lluvia anuales.